Nel medioevo la città era nota in latino come Villa Ecclesiae, in pisano antico come Villa di Chiesa, in catalano Viladesgleyes e poi in spagnolo come Iglesias. La più antica attestazione scritta del toponimo latino risale al 1272.
Sull’origine del nome ci sono diverse teorie, tra cui quella legata alla presenza di numerose chiese in città, e altre collegate a una forte presenza del potere ecclesiastico nel territorio. Un’altra ipotesi suggerisce che il toponimo originario in sardo campidanese fosse Bidda ‘e grèsia, traducibile in italiano come “Villaggio dei ciliegi”.
Alla dominazione aragonese e spagnola si deve, oltre al nome definitivo della città, la ristrutturazione di molti edifici di culto e fortificazioni difensive.