La città fu fondata da coloni greci provenienti dalla regione dell’Acaia nella seconda metà dell’VIII secolo a.C. nel luogo di un preesistente insediamento indigeno, e rappresentò uno dei centri più importanti della Magna Grecia.
Il nome deriva dal promontorio Kroton, Κρότων in greco antico, che era abitato da popolazioni indigene già nell’età del bronzo e nella prima età del ferro. Tuttavia la leggenda narra che il nome derivi da Kroton, figlio di Eaco, che morì ucciso per errore dal suo amico Eracle. Questi, per rimediare all’errore e onorare l’amico, lo fece seppellire sulle sponde del torrente Esaro e poi vicino alla tomba fece sorgere la città a cui diede il suo nome.
A Crotone è stato intitolato l’omonimo cratere sulla superficie di Marte.